江苏省量子信息科学与技术重点实验室实行牵头依托单位南京大学领导下和学术委员会指导下的实验室主任负责制，以“开放、流动、联合、竞争”作为项目的运行管理方针，建立竞争和激励机制，学习国内外著名实验室的先进管理经验，加强实验室管理，针对本实验室的实际情况，健全实验室规章制度，保障高效运行和发展。建立有显示度的激励和淘汰机制，确保高效运行。具体的管理运行机制主要有:

一、实行实验室主任负责制

实验室由南京大学物理学院教授、博士生导师于扬担任实验室主任，中国工程院院士、中国电子科技集团首席科学家、量子科技长三角产业创新中心创始人陆军担任实验室副主任。由主任和副主任组成的班子负责本实验室的日常管理和对外联系，具体负责实验室的运行，协调、解决实验室运行过程中遇到的问题。

二、学术委员会咨询指导制

成立国内本领域优秀专家组成的学术委员会。各研究方向均配备领军学术带头人，其中量子基础理论方向由邢定钰院士领衔，超导量子计算方向为辜刚旭，量子通信方向为龚彦晓，量子精密测量方向为张利剑。每年按时召开学术委员会会议，汇报研究工作进展，听取学术委员会对实验室的研究方向、研究成果和实验室建设的意见和建议，审议实验室开放课题等。

三、建立新型的人事管理机制

在研究队伍的建设上，以实验室研究目标为导向，实行课题制管理，按需设岗，按岗聘任，重视高层次人才引进，建立固定与流动研究人员相结合、专职和兼职研究人员相结合的新型人事管理模式，积极聘请承担国家重大科研项目的人员进入重点实验室工作。

四、建立实验室建设评价体系和激励机制

整体规划，分步实施，加强实验室建设目标、年度计划、资金预算、设备购置等重点工作的考核与评价，实验室负责人、学术骨干业绩与其岗位考核挂钩。

五、大型仪器设备的管理

制定大型仪器设备的共享以及管理条例，所有仪器设备采取实验室统一管理，对外开放，上网共享。对贵重设备配备责任教授和专职技术人员进行管理，使用人员严格执行南京大学和本实验室的有关制度，通过专题讲座，上机操作培训，经考核合格后，才可独立使用仪器。确保实验室工作的高效运行。